Le note AIFA, sono state motivo di controverso dibattito  nell'ambiente medico sanitario.
Alla luce degli orientamenti assunti di recente, è obiettivo dell' azienda formare medici e farmacisti affinchè le note diventino "...strumento per assicurare appropriatezza di impiego dei farmaci e per migliorare le strategie assistenziali."In particolare, si ritiene opportuno trattare gli aspetti clinico, scientifico e farmacoeconomico della nota AIFA 13.